В Монголии в последние годы род монгольского сайгака страдал от острой нехватки продовольствия и инфекций.
Весной 2017 года их численность сократилась до 4900 особей из-за козьей чумы. К концу 2019 год их численность возросла на 1000 голов.
В 2002 году Международным союзом охраны природы (МСОП) этот вид был отнесён к категории «находящийся в критическом состоянии». Сейчас монгольские сайгаки обитают только в западной Монголии.
По данным специалистов Всемирного фонда охраны природы (WWF) Монголии и команды Сети по сохранению сайгака, в январе 2020 года было зарегистрировано около 5074 монгольских сайгаков.
